日本申請商標注冊分為三個階段，即申請階段、審查階段和注冊階段。參考以下流程圖，簡單介紹這三個階段的基礎知識、所需信息或成本。異議、無效、撤銷、行政訴訟等程序的內容暫不涉及。
申請階段
在申請階段，申請人首先需要指定申請商標的圖案或文字，以及指定的類別和商品和/或服務。然后，我們需要選擇合適的專利商標局。委托日本專利商標局時，通常會向對方提供以下信息。
申請階段信息列表：
1)申請人姓名及地址(中文或英文)
2)指定類別及商品/服務
3)商標圖案(如商標為無設計的純文字，無需說明，僅用文字表述)
4)優先權文件(如有)(優先權文件可自申請日起三個月內補充)
在申請階段，一般來說，
申請提交后，日本專利局會先給出申請號并公開申請。對文件中的缺陷進行正式審查后，將進入實質性審查階段。
日本專利局受理一標多品類申請，申請階段官方收費第一品類日元，第二品類每品類8600日元。
檢查階段
根據檢查結果發出拒絕或批準注冊的通知。
如果申請人收到駁回通知后未予回復，日本專利局將發布駁回決定。申請人也可以選擇回復拒絕通知，并提交意見和/或更正。日本審查員收到申請人提交的意見和/或更正后，繼續審查或直接做出駁回決定。如果收到駁回決定，申請人也可以選擇繼續提交復審請求。
如上所述，日本專利局接受一個標準和多個類別的申請，并且對指定商品/服務的數量沒有限制。但需要注意的是，如果指定商品/服務的范圍太廣，審查員很容易質疑該商標是否會被實際使用或計劃使用，然后發出拒絕通知。
如果沒有拒絕通知，從申請到收到注冊批準通知大約需要6到8個月。
注冊階段
申請人收到注冊核準通知書后，需要在收到核準通知書之日起30日內繳納注冊費。申請人繳納費用后將被注冊，日本專利局將發布商標公告。除了一次性支付10年的費用外，在商業前景不明顯的情況下，申請人可以選擇只支付5年的費用。
注冊費明細
1)10年保護期官方費用為日元/類
2)5年保護期官方費用為日元/類
基本上在繳納注冊費后一個月內會出具注冊證明。
注冊后一個月內，日本專利局會發布商標公告。自發布之日起2個月內，任何人都可以提出異議申請。