合作社對其生產、制造、加工、揀選或經銷的商品或者提供的服務需要取得商標專用權的，應當依法向國家工商行政管理總局商標局（以下簡稱商標局）提出商標注冊申請。目前，辦理各種商標注冊事宜有兩種途徑：一是直接到商標局辦理；二是委托國家認可的商標代理機構代理。直接到商標局辦理的，申請人除應提交的其他文件外，應提交經辦人本人的身份證復印件；委托商標代理機構辦理的，申請人除應提交的其他文件外，應提交委托商標代理機構辦理商標注冊事宜的授權委托書。合作社直接辦理商標注冊事宜的，應到商標局的商標注冊大廳辦理。商標注冊手續比較繁雜，加之注冊時間長，因此合作社注冊商標最好找專業的代理機構，通過專業人員指導，可以降低注冊風險，提高商標注冊成功率。
商標注冊申請所需資料：商標圖樣，注冊商標所要使用的商品或服務范圍，合作社營業執照復印件。
商標注冊申請程序：先對商標進行查詢，如果在先沒有相同或近似的，就可以制作申請文件，遞交申請。申請遞交后的1～3個月，商標局會下發一個申請受理通知書（這個階段叫形式審查階段）。形式審查完畢后，就進入實質審查階段，這個階段大概需1年半左右。如果實質審查合格，就進入公告程序；公告期滿，無人提異議的，商標局就會核準注冊，下發商標注冊證。
根據《商標法》規定，注冊商標的有效期為10年，自核準之日起計算。有效期期滿之前6個月可以進行續展并繳納續展費用，每次續展有效期仍為10年。續展次數不限。如果在這個期限內未提出申請的，可給予6個月的寬展期。若寬展期內仍未提出續展注冊的，商標局將其注冊商標注銷并予公告。