股權轉讓個人所得稅的計算是按公平交易價格計算并確定計稅依據。當計稅依據明顯偏低且無正當理由的時候，稅務機關可以采用本公告列舉的方法來核定。股權轉讓所得應納個人所得稅額是股權轉讓應納稅所得額的20%。
計稅依據明顯偏低且無正當理由的判定方法如下：
(一)符合下列情形之一且無正當理由的，可視為計稅依據明顯偏低：
1、申報的自然人轉讓股權價格低于初始投資成本或低于取得該股權所支付的價款及相關稅費的;
2、申報的自然人轉讓股權價格低于對應的凈資產份額的;
3、申報的自然人轉讓股權價格低于相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓價格的;
4、申報的自然人轉讓股權價格低于相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓價格的;
5、經主管稅務機關認定的其他情形。
(二)本條第一項所稱正當理由是指以下情形：
1、所投資企業連續三年以上(含三年)虧損;
2、因國家政策調整的原因而低價轉讓股權;
3、將股權轉讓給配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人;
4、經主管稅務機關認定的其他合理情形。
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